Buenas noches, Borja.

Así es como yo lo entiendo:
No me meteré mcuho en tecnicismos porque, si estás dando el CV, seguramente no sabrás mucho vocabulario estadístico; pero emepcemos por el principio: el coeficiente de variación de un conjunto de datos con media x y desviación típica s es CV=s/x. Por tanto, lo que queremos hallar es la variación de los valores que arroja la báscula (peso) respecto al dato «real», siendo en este caso el peso.

Para empezar, si pesas a una persona una cantidad suficientemente grande de veces verás que el peso tiende a rondar una serie de valores. Ésto ocurre porque la báscula no nos puede dar el peso exacto, porque está fluctuando, pero podemos asegurar que el peso estará entre las mediciones que hemos hecho; en este caso, dos. Por ello creo que el método 2 es más preciso.

El método 1 es más una aproximación de otra aproximación…no sé si has oído algo de teoría del error, pero básicamente lo que haces en el 1 es redondear sucesivamente los valores (porque al calcular cada variación has tenido que redondear por el tema de las raíces, y al calcular la media habrás tenido que aproximar otra vez…) y ganas margen de error en cada operación por ir aproximando. (Si has entendido puedes saltar al siguiente párrafo) Dicho de otro modo: imagina que puedes afirmar que la CV es de 2.3458496584958% exactamente. Al calcular una raíz cuadrada, te habrás quedado con…digamos 6 decimales, ahora tienes 2.345849%. Y ahora el promedio, te quedarías con dos o tres: ~2.344%. Con pocos datos como tienes en el enunciado no se nota (generalmente estos estudios se hacen con 30 ó 40 de mediciones como mínimo), pero si hubieras hecho más mediciones verías que el porcentaje se sensibiliza por ir redondeando.

Por ello (perdona si he sonado muy críptica, explicar por texto no es mi fuerte) considero más adecuado el método 2, que requiere de menos operaciones.